O clima é quente e úmido, no verão, e embora seja relativamente mais frio no inverno, continua apresentando grande umidade do ar devido à evapotranspiração associada à água acumulada no solo no horizonte das raízes durante o período de cheia. A maior parte dos solos do Pantanal é arenosa e suporta pastagens nativas utilizadas pelos herbívoros nativos e pelo gado bovino, introduzido pelos colonizadores da região. Uma parcela pequena da pastagem original foi substituída por forrageiras exóticas, como a Braquiária (4.5% em 2006).
O balanço de energia superficial ( a troca de energia entre a superfície e a atmosfera) é muito influenciada pela presença de lâminas de água, que cobrem parcialmente o terreno a cada verão, e as características particulares dos balanços hídrico e de energia acabam por influir no desenvolvimento da Camada Limite Atmosférica regional.
